近日，我院王梦芝教授团队联合新疆农垦科学院周平、华中农业大学杨庆勇等团队，以我院博士后丁洛阳为共同第一作者，在《iMeta》（IF 23.8）期刊发表了题为“The HTIRDB: a resource containing a transcriptional atlas for 105 different tissues from each of seven species of domestic herbivore”的研究论文（原文链接：https://doi.org/10.1002/imt2.267）。该研究构建了跨物种的草食动物全组织转录组数据库，为揭示草食动物适应不同环境的演化机制及解读关键经济性状的遗传基础、代谢机制提供了数据资源和分析平台。

研究团队通过标准化的采样方法，获得了总计1,642份来自七种草食动物（牛、绵羊、驴、山羊、马、兔、梅花鹿）、每个物种涵盖105个不同组织样品的自测序转录组数据。此外，还收录了28,710条草食动物相关的高质量公共转录组数据。通过对这一庞大数据集进行统一过滤、处理和分析，构建了草食动物全组织转录组数据库（HTIRDB）。

截至目前，HTIRDB是可自由访问的最大的设计性的草食动物全组织转录组数据库，提供了基因表达的电子荧光图示、跨物种/组织的比较转录组、基因共表达网络、可变剪接等分析结果的检索与可视化呈现。此外，还开发整合了一系列用户友好的在线分析工具，包括序列提取（Seqfetch）、比对（BLAST）、GO/KEGG富集分析、比较转录组分析和通路查询等，以帮助研究人员鉴定差异表达基因并预测其功能。HTIRDB的建立将给草食动物转录组相关研究提供便利，有助于揭示不同草食动物在适应不同环境变化的过程中产生的不同生物学特征背后的关键调控通路及作用机制。

文章亮点：

（1）HTIRDB是截至目前规模最大的设计性的草食动全组织转录组数据库。

（2）HTIRDB提供了包括表达谱、比较转录组在内的共计13种转录组数据分析和可视化工具，适用于从简易到复杂等不同阶段的转录组数据分析。

（3）HTIRDB挖掘、提供包括lncRNA，基因突变及可变剪接在内的检索功能。